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十三湊遺跡は、本州最北端の津軽半島の日本海側ほぼ中央、岩木川河口に形成された潟湖、十三湖（じゅうさんこ）の西岸に位置しています。
戦国期に成立したと考えられる『廻船式目』に三津七湊の一つとして「奥州津軽十三湊」とみえ、中世北日本の重要港湾であったことがうかがえます。
津軽の豪族安藤氏が拠点をおいて栄えたとされながら、南北朝の津波によって壊滅したという伝承があり、長い間幻の港町とされてきましたが、平成3年度以降の市浦村・青森県教育委員会等による組織的な発掘調査の結果、13世紀から15世紀に営まれた広大な遺跡の実態がおおよそ把握されました。

十三湊遺跡は13世紀初めに成立し、15世紀後半に急速に衰退するまで、中世国家の境界領域に位置するという立地条件のもと、北日本における日本海交通の拠点港として発展、繁栄しました。その衰退後は遺跡地の大半は開発されることもなく非常に良好に保存され、かつ周辺には山王坊遺跡等の関連遺跡が豊富に分布し、とりまく十三湖や日本海の環境・景観もすぐれています。
国内において、重要な港湾を備えた大規模な遺跡として類いまれな事例です。（「平成17年史跡指定申請書」文化審議会による答申の概要説明文より引用） 

十三湊遺跡から出土した遺物や遺跡の詳しい解説は市浦歴史民俗資料館にてご覧いただけます。